তিনি ১৯৬৩ সাল থেকে ব্যাংকিং ব্যবস্থার সঙ্গে যুক্ত ছিলেন। ১৯৯৪ থেকে ১৯৯৫ সাল পর্যন্ত ইব্রাহিম খালেদ বাংলাদেশ কৃষি ব্যাংক, ১৯৯৬ সালে অগ্রণী ব্যাংক এবং ১৯৯৭ সালে সোনালী ব্যাংকের ব্যবস্থাপনা পরিচালক হিসেবে দায়িত্ব পালন করেন। ১৯৯৮ থেকে ২০০০ সাল পর্যন্ত বাংলাদেশ ব্যাংকের ডেপুটি গভর্নর ছিলেন। ২০০০ থেকে ২০০৬ সাল পর্যন্ত তিনি পূবালী ব্যাংকের ব্যবস্থাপনা পরিচালক ছিলেন।তিনি ২০২০ সালের ৯ ডিসেম্বর থেকে পূবালী ব্যাংক লিমিটেডের পরিচালনা পর্ষদে স্বতন্ত্র পরিচালক হিসেবে দায়িত্ব পালন করেছেন।২০১০ সালের শেয়ার কেলেঙ্কারির উপর তদন্ত রিপোর্ট প্রকাশ করে আলোচনায় আসেন ইব্রাহিম খালেদ। ২০১১ সালে বাংলা একাডেমি তাকে সম্মানসূচক ফেলোশিপ দেয়।ব্যাংকিং ও অর্থনীতি ক্ষেত্রে বিশেষ অবদানের জন্য খোন্দকার ইব্রাহিম খালেদকে ২০০৯ সালে ‘খান বাহাদুর আহছানউল্লা স্বর্ণপদক’ ও ২০১৩ সালে ‘খান বাহাদুর নওয়াব আলী চৌধুরী’ জাতীয় পুরস্কার দেওয়া হয়। ২০০০ সাল থেকে তিনি কেন্দ্রীয় কচি-কাঁচার মেলার পরিচালক, নির্বাহী পরিষদের সভাপতি ও ট্রাস্টি বোর্ডের সদস্য হিসেবে দায়িত্ব পালন করছিলেন।