তিনি আগের সেনাবাহিনী প্রধান জেনারেল আজিজ আহমেদের কাছ থেকে দায়িত্বভার গ্রহণ করেন।আইএসপিআর জানায়, দায়িত্ব গ্রহণের পর জেনারেল এস এম শফিউদ্দিন আহমেদ বলেন, বাংলাদেশের স্বাধীনতার সুবর্ণজয়ন্তী ও মুজিব জন্মশতবার্ষিকীর মাহেন্দ্রক্ষণে বাংলাদেশ সেনাবাহিনীর মতো একটি পেশাদার, সুদক্ষ ও গৌরবমণ্ডিত বাহিনীর নেতৃত্ব (১৭তম সেনাবাহিনী প্রধান হিসেবে) দেওয়ার সৌভাগ্যলাভের জন্য আমি মহান আল্লাহ তা’আলার কাছে শুকরিয়া আদায় করছি।তিনি বলেন, আমি বিশ্বাস করি, এটা একটি স্বর্গীয় আর্শীবাদ এবং এমন সম্মান শুধু আল্লাহই দিতে পারেন। আমি গণপ্রজাতন্ত্রী বাংলাদেশ সরকারের প্রধানমন্ত্রীকে আন্তরিক ধন্যবাদ ও কৃতজ্ঞতা জানাচ্ছি, আমার ওপর আস্থা রেখে এই গুরুদায়িত্ব আমাকে অর্পণ করার জন্য।সবার সহযোগিতা ও দোয়া কামনা করে এস এম শফিউদ্দিন আহমেদ বলেন, মুক্তিযুদ্ধের চেতনায় উজ্জীবিত বাংলাদেশ সেনাবাহিনীকে তার অভীষ্ট লক্ষ্য নিয়ে যেতে আমি আপনাদের সবার দোয়া এবং সহযোগিতা কামনা করছি। আমি বিশ্বাস করি যে সবার সহযোগিতায় আমি বাংলাদেশ সরকারের আমার ওপর অর্পিত গুরুদায়িত্ব সুচারুভাবে পালন করতে সক্ষম হবো।জাতির পিতা বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমান ও সশস্ত্র বাহিনীর সদস্যসহ মুক্তিযুদ্ধে সব শহীদের প্রতি শ্রদ্ধা জানিয়ে জেনারেল শফিউদ্দিন আহমেদ বলেন, আমি সশ্রদ্ধ চিত্তে স্মরণ করছি বঙ্গবন্ধু শেখ মুজিবুর রহমানকে যার একক নেতৃত্বে সুচিত হয়েছিল মহান স্বাধীনতা সংগ্রাম এবং আমরা পেয়েছি আমাদের কাঙ্ক্ষিত স্বাধীনতা।
তিনি বলেন, আমি আমাদের স্বাধীনতা যুদ্ধের সব মুক্তিযোদ্ধাদের প্রতি আমার শ্রদ্ধা নিবেদন করছি এবং কৃতজ্ঞতার সঙ্গে স্মরণ করছি। সেই শহীদদের যাদের আত্মত্যাগের বিনিময়ে আমরা আজ একটি স্বাধীন দেশে গর্বের সঙ্গে বাস করতে পারছি। একই সঙ্গে আমি বিশেষভাবে শ্রদ্ধা নিবেদন করছি বাংলাদেশ সশস্ত্র বাহিনীর সেসব বীর শহীদদের যারা জাতি ও মানবতার কল্যাণে দেশে ও বিদেশে নিজ জীবন উৎসর্গ করেছেন। আমি সব শহীদদের আত্মার মাগফেরাত কামনা করছি।
